因为当下农村墓地相关的规范中没有对于农村墓地使用权消灭的条件和程序的规定，该内容对于完善农村墓地使用权的规范体系至关重要，所以应当基于上文农村墓地使用权的消灭条件设置农村墓地使用权的消灭程序。农村墓地使用权消灭程序的设置，应当以村委会为申报主体，经乡级人民政府审核同意后，报县级人民政府民政部门审批。基于农村墓地使用权消灭的原因，对农村墓地使用权消灭程序分为以下几类:
1、因自动放弃权利而导致农村墓地使用权消灭的
因公共利益而导致农村墓地使用权消灭的，当地县级民政部门应当对死者遗体的处理进行监督，以确保不违背公序良俗。对于以默示的方式自动放弃权利的权利人，应当以通知的方式进行告知，并注意告知的期间。然后以村委会为申报主体，经乡级人民政府审核同意后，报县级人民政府民政部门审批。
2、因使用期限届满而导致农村墓地使用权消灭的
因公共利益而导致农村墓地使用权消灭的，村委会有告知农村墓地使用权主体的义务，在无权利人主张续期的时间段内村委会应当通过各种方式联系权利人，如果权利人联系不到，应当在村委会进行一段时间的公告，然后以村委会为申报主体，经乡级人民政府审核同意后，报县级人民政府民政部门审批。
3、因公共利益而导致农村墓地使用权消灭的
因公共利益而导致农村墓地使用权消灭的，应当在获取相关单位的相关文件后以村委会为申报主体，经乡级人民政府审核同意后，报县级人民政府民政部门审批。在需要进行征收土地之后，农村墓地使用权随着土地所有权的转移而消灭。同时应当按照法律等强制性规范的要求补偿被征收农村墓地的农村墓地使用权主体。
4、因超出法定面积而导致农村墓地使用权消灭的
因超出法定面积而导致农村墓地使用权消灭的，是在相关规范规定了法定面积并实施后就自然消灭，不需要其他的消灭程序。对于超出规定面积的农村墓地使用权应当在发现时及时整改。自从相关规范实施的时间起，超出该规范规定面积的农村墓地，其超出规范要求部分的农村墓地使用权应当归于消灭。其规范规定的面积应当从棺撑或者遗骸的中心进行起算，并尽量覆盖棺撑或者遗骸。
5、对于因回购而导致农村墓地使用权消灭的
因超出法定面积而导致农村墓地使用权消灭的，对于其中自愿申请回购的，农村墓地使用权主体应当在未使用墓地或者将坟墓迁走后主动向村委会提出回购申请，其申请回购的农村墓地应当是以出让方式取得的，然后以村委会为申报主体，经乡级人民政府审核同意后，报县级人民政府民政部门审批。对于被强制回购的，村民、村委会等个人或者组织发现有未使用墓地或者将坟墓迁走的情况，应当在村内进行一段时间的公告。农村墓地使用权主体应当在未使用墓地或者将坟墓迁走的一段时间内向村委会说明情况，如果过了公告期也没有权利人主张权利，然后就以村委会为申报主体，经乡级人民政府审核同意后，报县级人民政府民政部门审批。