对于殡葬档案的移交和销毁，《办法》对火化档案和安放(葬)档案作了分别规定。考虑到殡仪馆基本没有足够的空间长期保存遗体火化档案，《办法》要求，遗体火化档案在殡葬服务单位保管20年后向相关国家综合档案馆移交。档案保管期限届满后的鉴定、销毁等工作由殡葬服务单位主管民政部门的同级档案管理部门来完成。
由于安放(葬)档案的保管期限较难确定，同样无法对其设置一个固定的移交期限。因此，《办法》规定，殡葬服务单位应当在遗体安葬档案和骨灰安放(葬)档案保管期限届满后，先对其进行鉴定，有继续保存价值的移交到殡葬服务单位主管民政部门的同级档案管理部门保存至永久，无保存价值的予以销毁。
殡葬档案的鉴定销毁是一项非常重要的工作，殡葬服务单位和相关国家综合档案馆均应当认真对待，履行严格的审批程序。鉴定时须结合当时的经济社会发展情况以及对档案的利用需求进行权衡，并保有一定预见性。经过鉴定，对已确定销毁的殡葬档案，需要建立销毁清册，经单位主管领导审批后再行销毁。销毁清册应载明销毁档案的时间、种类和数量，确保应销毁的档案没有漏销和流失。相关负责人员应当在销毁清册上签字，销毁清册和殡葬档案目录永久保存。