农村墓地使用权的主体在享有上述多项权利的同时也应当承担下述相应的义务，农村墓地使用权的权利与义务一起组成了法律关系的内容。作者认为农村墓地使用权的主体应当享有如下几方面的义务:
1、配合农村墓地管理的义务
农村墓地使用权主体应当配合农村墓地管理者履行如下义务:首先，配合农村墓地管理者履行妥善处理死者的遗体和遗骸等，防止引发传染病或者污染环境。其次，农村墓地使用权主体应当按照法律、法规和其他强制性规范的要求建设农村坟墓。农村墓地使用权的占地面积、构筑物和使用期限等都应当受到相关规范的约束，农村墓地使用权主体应当按照法律、法规和其他强制性规范要求的墓地面积、构筑物的高度和深度等建造农村坟墓，也建议使用生态环保建材建造农村坟墓。然后，应当按时缴纳法律、法规和其他强制性规范中规定的各类费用。最后，农村墓地使用权的主体都应当协助促进可持续化利用土地资源并且应当文明节检办丧事。
2、不得损害农村墓地所有权主体的权益
因为根据《民法典》第二百四十一条的规定，农村墓地使用权人等用益物权人不可以损害农村墓地所有权主体合法的权益，所以在农村墓地所有权主体主张农村墓地使用权人损害其合法权益的时候，农村墓地所有权主体有停止侵害、排除妨害、消除危险和恢复原状等物上请求权。例如，农村墓地使用权主体在祭扫死者的时候使用了有污染环境的物质，农村墓地所有权主体有权主张自己的权利。
3、基于相邻关系而产生的义务
因为农村墓地使用权衍生出了农村墓地的相邻权利与义务，所以农村墓地使用权主体有权基于农村墓地的相邻关系而请求行使农村墓地的相邻权利，让渡权益的一方就形成了基于相邻关系而产生的义务。农村墓地的相邻权利人之间也应当按照团结互助和公平合理的原则与各地优良习俗恰当处理相邻关系，农村墓地使用权主体可以基于相邻关系向对方提出提供必要便利的请求，农村墓地使用权主体也可以基于相邻关系向对方提出不得危害相邻农村墓地安全的请求和不得对相邻农村墓地使用权主体造成损害的请求，在农村墓地使用权主体的相邻权利受到侵害时农村墓地使用权人可以要求请求对方承担相应的责任。
4、不妨害公共秩序和公共安全等重大公共利益的义务
在战争、恐怖事件、重大核事故或者瘟疫等涉及重大公共利益灾难时需要征收或者征用农村墓地的，农村墓地使用权主体在行使其权益的时候不得妨害重大公共利益。